Mulai tahun 2012 SMA Muhammadiyah 3 Tulangan membuka program unggulan yang diberi nama “MBS”. Program ini memadukan pendidikan umum dan pendidikan pesantren. Santri MBS tinggal di asrama yang berada di lingkungan sekolah dan disediakan kelas khusus dalam pembelajaran di sekolah, sehingga proses pembelajaran umum dan pesantren dapat dimonitor secara efektif. Hasil yang diharapkan, santri memiliki kompetensi akademis dan berpotensi sebagai mubaligh.

·           Lulus SMP/MTs/Paket B

·           Mendaftar sebagai calon siswa baru SMA Muhammadiyah 3 Tulangan

·           Bersedia tinggal di asrama

·           Mengisi Formulir Pendaftaran

·           Fotocopy Akte Kelahiran 1 lembar

·           Fotocopy Kartu Keluarga 1 lembar

·           Pas foto ukuran 3×4 sebanyak 5 lembar (berjilbab bagi putri)

·           Fotocopy nilai rapor semester 1 sampai 5

·           Mengikuti Placement Test dengan materi